BioBlender یک بسته نرم افزاری است که بر روی نرم افزار مدل سازی 3D منبع باز ساخته شده است.زیست شناسی در مقیاس نانو و با اشیاء نامرئی در چشم انسان کار می کند.با استفاده از BioBlender می توان بر اساس داده های علمی و بالاترین استاندارد دستکاری سه بعدی برخی از کاراکترهای موجود در سلولهای ما را نشان داد.دانشمندان در سراسر جهان پروتئین ها را در سطح اتمی و اطلاعات سپرده در مخزن عمومی پروتئین داده بانک مطالعه می کنند ، جایی که هر مولکول به عنوان لیستی از اتم ها و مختصات سه بعدی آنها توصیف شده است .... با کاربران BioBlender می توانند پروتئین ها را در فضای سه بعدی اداره کنند.، نمایش سطح خود را به روش فوتورئالیستی ، و حرکات پروتئین پیچیده را بر اساس شکل های شناخته شده شرح می دهد.پرونده های PDB را می توان از یک فهرست راهنما تعریف شده توسط کاربر بارگیری کرد و یا مستقیماً از سایت PDB بارگیری کرد (با وارد کردن کد PDB).پروتئین به صورت سه بعدی (به عنوان اتم یا سطح مولکولی) نمایش داده می شود و کاربر می تواند خواص سطح آن ، پتانسیل لیپوفیلی مولکولی و پتانسیل الکترواستاتیک را محاسبه و تجسم کند.برای حرکت پروتئین ، BioBlender واسطه ها را بین دو ترکیب با استفاده از موتور بازی Blender محاسبه می کند.این برنامه به عنوان خروجی فایلهای PDB میانی و تصاویر ارائه شده به عنوان فیلم می دهد.BioBlender پیاده سازی Blender است ، یک منبع آزاد ، با توزیع آزاد ، چند نفره ، برنامه قابل تعامل و پشتیبانی از انیمیشن سه بعدی ، جلوه های بصری و بازی های ویدیویی.ترکیبی از گرافیک های رایانه ای سه بعدی ، موتور بازی و برنامه های علمی ، از BioBlender ابزاری کامل برای تشریح حرکت پروتئین ها و نمایش ویژگی های سطح آنها با استفاده از کد بصری مبتنی بر بافت و جلوه های ویژه ذرات می سازد.از این طریق می توان خصوصیات فیزیکی و شیمیایی یک مولکول را در حرکت نشان داد.BioBlender نتیجه همکاری است که توسط گروه SciVis در CNR در پیزا (ایتالیا) انجام می شود ، بین دانشمندان رشته های مختلف (زیست شناسی ، شیمی ، فیزیک ، علوم رایانه)