VMD قادر است با ساختارهای بسیار بزرگ تا حد حافظه موجود کار کند.نسخه های 64 بیتی VMD اجازه می دهد تا مسیرهای شبیه سازی مقیاس بزرگ و طولانی با حافظه فیزیکی بارگیری شوند و از مجموعه داده های حجمی بزرگ استفاده کنند.شبیه سازی کپسید 64 میلیون اتمی HIV در شرح داده شده در شماره 30 ماه مه 2013 از طبیعت ، نمونه ای از کلاس اول از کاری است که می توان با VMD در یک ایستگاه کاری گرافیکی مجهز انجام داد.مدل HIV-1 برای شبیه سازی با استفاده از ابزارهای ساختاری تهیه شد و از ویژگیهای اسکریپتینگ VMD بعداً برای تجزیه و تحلیل مسیر استفاده شد.ساختار تمام اتمی کپسید HIV-1 نشان داده شده روی جلد Nature در VMD با استفاده از موتور ردیابی داخلی اشعه تاچون ارائه شد ، و سپس با یک نمایش هنری از پاکت ویروسی و متن جلد Nature ترکیب شد....